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Francisco Neto nasceu em Mortágua a 11 de julho de 1981. Tinha seis anos quando começou a acompanhar os treinos do pai, Carlos Neto, no Mortágua FC, o emblema da terra que o viu crescer. Cedo quis seguir as peugadas do progenitor e acabou por fazê-lo em 2001, aos 20 anos, quando o convidaram a orientar a seleção distrital de sub-13 da Associação de Futebol de Viseu.
Em 2007 foi promovido ao cargo de coordenador técnico na AF Viseu, passando a ser responsável por todas as seleções distritais da associação. Essa posição levou-o a cumprir um estágio na Seleção Nacional A feminina, durante o torneio internacional de futebol feminino Algarve Cup.
O estágio na principal Equipa das Quinas feminina levou-o a integrar o corpo técnico da então Selecionadora Mónica Jorge, onde desempenhou a função de treinador de guarda-redes até 2010.
Mais tarde, foi convidado a treinar a Seleção Indiana de sub-21 masculina e conduziu a Índia a uma histórica medalha de ouro na competição. No regresso a Portugal, novo convite da FPF, desta feita para ser o timoneiro da principal Seleção Nacional feminina, o que viria a acontecer em fevereiro de 2014. Dois anos depois de assumir o comando técnico de Portugal, Francisco Neto garante o primeiro apuramento da Equipa das Quinas para a fase final do Campeonato da Europa, a realizar na Holanda no verão de 2017.
No currículo do Selecionador Nacional de futebol feminino - que se licenciou em Ciências do Desporto pela Faculdade de Desporto da Universidade do Porto, e possui mestrado na mesma área, obtido na Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro, - constam ainda passagens pelos escalões de formação de clubes como o SC Salgueiros, o Repesenses e o Dínamo Clube da Estação. Além de desempenhar o cargo de Selecionador Nacional, Francisco Neto é o Coordenador Metodológico do futebol de formação feminino na Federação Portuguesa de Futebol.